تتكون عملية تقييم طلبات الترشح للجائزة من ثلاث مراحل:
تقوم إحدى شركات البحث والتحليل الدولية المرموقة بدراسة الطلبات المقدمة، ومن ثم تقييمها والتأكد من استيفائها لشروط ومعايير المشاركة، ليتم بعد ذلك إعطاء درجات ضمن كل فئة من فئات جائزة زايد للاستدامة.
يتم تشكيل لجنة اختيار لكل فئة تضم خبراء متخصصين، حيث تتولى اللجنة مهمة مراجعة وتقييم جميع القوائم المختصرة من قبل شركة الأبحاث. وبعد ذلك، يتم إعداد قائمة بالمرشحين النهائيين لعرضها على لجنة التحكيم.
يجتمع أعضاء لجنة التحكيم لمناقشة المشاركات واختيار الفائزين عن كل فئة، ويتم اتخاذ القرار النهائي بالإجماع. وتضم لجنة التحكيم قادة دول سابقين، ووزراء، وقادة أعمال من حول العالم.